De GSG-9 is in overeenkomst met de SEK's (Spezialeinsatzkommando) van de politie opgericht naar aanleiding van de gijzeling gedurende de Olympische winterspelen in Munchen in het jaar 1972.
Hierbij kwamen bij het bevrijdingsverzoek op het vliegveld 'Fürstenfeldbruck' alle gegijzelden, 5 Palestijnse terroristen en een politiebeambte om het leven.

In april 1973 meldt de commanduer oprichter Wegener zich voor te bereiden voor twee inzeteenheden van de GSG-9

Op 17 oktober 1977 kreeg de GSG-9 haar vuurdoop bij de bevrijding van de gegijzelden in het Lufthansa vliegtuig in de Somalische hoofdstad Mogadischu.

Bij de arrestatie van de RAF-terroristen, Hogefeld en Grams, op 27 juni 1993 kwam het opnieuw op het station Bad Kleinen tot een media-gail van de gsg-9. Hierbij werd de politiecommissaris BGS "Newrzella" door de vermoedelijke RAF-terroristen Wolfgang Grams vermoord. Grams Pleegde direct daarna zelfmoord.

Sinds het bestaan van de GSG-9 heeft deze eenheid aan al meer dan 1300 inzetten deelgenomen.